近年来由于杭州城市建设的快速发展，尤其是石德立交桥、杭州东站枢纽和杭宁高铁的建设，陆续征用了我院大量土地，严重影响了院区的整体规划布局和科研创新环境。为促进我院又好又快地发展，根据省委省政府转型升级和把省农科院建设成为国内外一流的科研院所的新要求，2010年，我院紧紧围绕“创建一流现代院所、创新一流科研成果、创造一流服务业绩”的战略目标，坚持“尊重现状、有序更新，统一规划、分期开发，功能提升、合理布局”的原则，以本部提升工程、东区西移工程、基地扩征工程为载体，着力推进院本部布局优化和功能提升，着力推进海宁杨渡科研创新基地有序扩容和集聚发展，着力推进家属区环境改善和资源共享，将浙江省农业科学院建设成为布局合理、功能完善、特色鲜明、环境优美的一流现代院所。

    2011年，我院“本部提升、基地扩建”项目列入浙江省“十二五”重大建设项目规划（浙政发[2011]89号）。目前，“本部提升、基地扩建”工程正按照“统一规划、分步实施”的总体要求有序推进。

    “本部提升”以提升我院自主创新能力为核心，在本部区块合理划分科研创新、行政办公、研究生教育、试验示范、中试转化、保障服务、文体活动、孵化交流等功能区，充分利用现有基础，整合科技创新资源，优化空间布局，完善功能配套，最终实现我院核心竞争力的整体提升。工程总建设规模约24万平方米，分为植物科学研究区、动物科学研究区、微生物科学研究区、家属区“东区西移”等4个子项目。目前已经完成和正在实施的子项目有：植物科学研究区项目，位于院本部东侧，南临德胜快速路，西至备塘河，东临铁路，北至白石港，总用地面积7.9486公顷，新建4幢科研用房及附属设施，总建筑面积为92748平方米，项目已于2017年9月完成搬迁入驻。动物科学研究区项目，位于院本部东侧，植物科学研究区北侧，总用地面积4.4804公顷，新建2幢科研用房及附属设施，总建筑面积为33631平方米。家属区“东区西移”项目，主要是将现位于我院界址内石桥路东侧的住宅区，按照市政建设涉及住宅拆迁相关安置政策搬迁至石桥路西侧原“花都市场”地块，用地总面积约3.8998公顷，拟建地上建筑面积约78000平方米。家属区东侧住宅区搬迁安置腾空后地块将用于实施微生物科学研究区项目。

    基地扩建就是将我院盐仓科技牧场与海宁土地置换，经过扩建，使杨渡基地总面积从原有的867亩扩大到3413亩。基地扩建项目一期953亩于2012年启动建设，2018年建成并投入使用；扩建项目二期1593亩正在建设中。按照“统筹规划、整体推进、分步实施、共享共用”的原则和农业科研创新为主体、适当兼顾科研中试与现代农业展示的要求。结合各学科特点及未来发展趋势，整个杨渡科研创新基地将建设成“十区一中心”的格局，即优质粮油作物育种区、名优蔬菜新品种引种与选育区、名特园艺作物新品种选育区、蚕桑新品种选育区、生态循环农业实验区、现代生态科技牧场、生物技术育种试验区、现代农业科技产业孵化区、现代农业科技展示体验区、浙江省农作物种质资源区、综合管理服务中心等10个功能区。