浙江省农业科学院食品科学研究所成立于1994年，是专业从事农产品初加工、精深加工和副产物综合利用，以应用研究为主，兼顾应用基础研究和新技术示范推广的学术性研究机构。前身浙江省农产品产后技术研究中心(1988)。在全国省级农业科学院所中属于成立较早、学科设置较全的单位。
现有在职职工49人，其中正高9人，副高21人；博士32人，拥有硕士学位以上人数占全所94%；拥有国务院特殊津贴专家、浙江省特级专家、国家“万人计划”科技创新领军人才、科技部创新人才推进计划中青年领军人才、农业农村部农业科研杰出人才/神农青年英才、浙江省“万人计划”科技创新领军人才/青年拔尖人才、浙江省“151”人才（一、二、三层次）、国家现代农业产业体系岗位专家等25人次；与南京农业大学、中国海洋大学、浙江工业大学、浙江师范大学和中国计量大学等国内10余所高校联合招生，已培养博（硕）士研究生近300人，目前在所研究生100余人。
研究所下设11个研究室：食品物流与营养品质调控研究室，重点围绕干坚果、特色浆果等果品，开展采后贮运生理病理物流过程品质保持与调控，配套材料与装备的研发及应用，取得突出成就。主持完成“干坚果贮藏与加工保质关键技术及产业化”、“特色浆果高品质保鲜与加工关键技术及产业化”分别荣获2017年度和2020年度国家科技进步奖二等奖。生鲜食品营养及品质调控研究室，重点围绕蔬菜、食用菌等生鲜食品，开展预制食品加工、物流配送、电商等保鲜品质和营养成分调控技术研究，主持国家重点研发等项目，承担国家现代农业产业技术体系特色蔬菜采后处理与保鲜岗位科学家任务。果品加工研究室，针对我省大宗、特色果品开展梯次利用研究，在柑橘综合利用、果蔬发酵等获多项突破性业绩。食药同源植物加工研究室，主要开展食药同源植物功能因子活性研究与营养健康食品利用研发。蔬菜加工研究室，开展传统发酵蔬菜现代化、特种蔬菜功能成分和加工副产物综合利用等研发。畜产加工研究室，开展畜产品加工安全控制、绿色制造等应用基础与新技术研究推广，承担国家现代农业产业技术体系蛋鸡加工副产物综合利用岗位科学家任务，无硝肉、蛋品加工等取得突出进展。功能食品配料研究室，研究功能性食品配料的营养学特征及功能特性，研发不同应用特征的功能食品配料。水产加工研究室，重点研究水产品精深加工、水产功能性食品及微生物控制、副产物综合利用。微生态与营养健康研究室，开展肠道微生态研究新方法和技术研究、新型微生态制剂开发与应用、食品组分功效评价与精准营养研发。食品加工装备研究室，以国家现代农业产业技术体系柑橘罐头加工岗位为依托，研究机器视觉、深度学习、机器人技术，开展柑橘罐头加工机器换人智能装备的设计开发。粮油加工与精准营养研究室（筹），立足我省特色粮油资源，聚焦于人群差异化营养需求，开发符合国民健康需求的主粮产品。
研究所建有农业农村部果品采后处理重点实验室、农业农村部蔬菜采后保鲜与加工重点实验室（部省共建），中国轻工业果蔬保鲜与加工重点实验室、浙江省果蔬保鲜与加工技术研究重点实验室、国家浆果保鲜加工技术研发专业中心、农业农村部浆果产地加工技术集成基地等国家和省部级科研平台。
近年来，承担国家重点研发、国家基金、国家国际合作、浙江省重点研发等省部级科研项目200余项。主持获国家科技进步二等奖2项，参与获国家发明二等奖和国家科技进步二等奖各1项；主持农业农村部和浙江省科技奖一等奖等各级科技成果奖励20余项；获中华农业科技奖优秀创新团队奖1项，农产品加工业十大科技创新推广成果2项。已授权国家发明专利100余项，荣获“中国专利优秀奖”2项。制定国家行业标准8项。在国内外发表论文500余篇，其中SCI论文120余篇。与洽洽食品、海通食品、鲜丰水果、浙江秋梅食品、杭州姚生记、丰岛食品、浙江中烟、方太厨电等著名公司和企业开展产学研全面合作。在坚果氧化劣变控制、特色浆果产地商品化处理、预制食品加工、柑桔类全果饮品、金华火腿高值化加工、海鲜特色酱、榨菜泡菜新工艺和营养五谷杂粮加工等一批科研成果实现产业化，帮扶了大批企业和农户，带动山区、产区产业快速提升发展，促进乡村振兴，创造了显著经济和社会效益。
研究所接轨国际食品科学前沿，对外交流活跃，先后与美国农业部（USDA/ARS）、美国俄勒冈州立大学、澳大利亚昆士兰大学、加拿大农业部食品与园艺研究中心、韩国世界泡菜研究所、俄罗斯肉类工业研究所等20余个科研院所建立了良好合作关系，200余人次的国外知名学者来所科技交流。
食品科学研究所本着“紧跟前沿、协作创新、开放包容、跨越发展”的宗旨，围绕“品质食品，营养健康”的主题，传承浙江特色，瞄准世界前沿，开创食品科学新发展。
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