植物保护与微生物研究所前身是1924年成立的浙江省昆虫局，1938年浙江省昆虫局同其他农业改良机构合并成立浙江省农业改进所，1951年浙江省农业改进所改名为浙江省农业科学研究所，其中设植物病虫害系，1960年浙江省农业科学研究所同其他相关研究所合并成立浙江省农业科学院，并将植物病虫害系改名为植物保护研究所，2002年由原植物保护研究所（除农药学科）和原微生物研究所（除土壤肥料学科）组建成植物保护与微生物研究所。

      研究所高度重视人才工作和人才队伍建设，始终把人才工作放在突出位置。研究所现有在职职工60人，其中正高10人，副高25人。具有博士学位的34人。省“151”第一、二层次人才9人，国家水稻产业技术体系岗位专家1名，国家特色蔬菜产业技术体系杭州综合试验站站长1名。

      目前，研究所重点围绕农作物植物保护与微生物技术利用，开展农田生态系统安全评价和农作物病虫害生态控制、水生蔬菜有害生物防控和高效安全绿色生产、环境与饲用微生物综合应用和水体生物修复、人体肠道微生物作用机理及应用研究和生物农药的研究与开发。下设粮食作物病害研究室，粮食作物虫害研究室，经济作物病害研究室，经济作物虫害研究室，水生蔬菜有害生物防控研究室，环境与应用微生物研究室，肠道微生态研究室，真菌与植物免疫研究室，所办公室等。“十二五”以来，共主持、承担国家重点研发计划项目、国家公益性行业科研专项、国家自然科学基金、农业部“948”项目、省重点研发计划项目等各类项目200余项。在稻瘟病与稻曲病等水稻主要病害的发病机理及防控研究、水稻主要害虫发生规律和生态控制技术研究、蔬菜重大病害绿色防控技术、蔬菜主要害虫防控和重要入侵害虫入侵机制及控制技术研究、人体肠道微生物与健康关系研究、污染水体微生物强化修改技术研究等方面均取得一系列突破，部分研究成果达到国内及国际领先水平。

      研究所着力提升科技创新能力，获国家科学技术进步奖三等奖2项，农业部技术改进奖一等奖2项，农业部科技成果奖一等奖1项、二等奖3项，省科学技术进步奖一等奖1项、二等奖8项。作为主要完成人获得国家科学技术进步奖一等奖1项、二等奖4项、三等奖5项，农业部科技成果奖一等奖3项、二等奖8项，省科学技术进步奖二等奖7项。研究所十分重视科技成果的熟化、转化，积极通过成果拍卖、技术入股等方式实现科研成果的转化。目前蓟马高效引诱剂、畜禽养殖污水微生物强化治理技术、人体肠道微生态体外发酵系统、城乡黑臭河道污染源生态拦截技术等科研成果进行了有效转化，取得了显著的经济及社会效益。

       研究所通过选派科技特派员、科技下乡、科技培训等方式，开展技术服务，大力示范推广科研成果。“十二五”以来共选派省科技特派员40人次，1人被授予全国优秀科技特派员称号，2人被省委省政府授予功勋特派员，1人被授予突出贡献特派员，为欠发达乡镇的发展提供了技术支撑。研发的水稻害虫生态控制技术、蔬菜害虫绿色防控技术、污水微生物强化修复技术等科研成果已在我省及全国许多地区获得推广应用，取得了显著的经济、社会及生态效益。

       研究所高度重视国际交流与合作，近年来同美国加州大学戴维斯分校、密歇根州立大学、匈牙利圣伊斯特万大学、澳大利亚西悉尼大学等在高光谱技术应用、昆虫与共生菌互作、外来入侵害虫防控、害虫生物防治等领域建立了紧密持续的合作。与丹麦Aarhus大学农学院、美国Louisiana 州立大学健康科学中心、法国国家农业研究所在病害鉴定、基因功能分析等方面具有长期良好的合作关系。在美国马歇尔大学成立了浙江农科院美国马歇尔大学微生物生物技术研究中心。与国际水稻研究所、澳大利亚Chales Sturt 大学，越南、泰国、缅甸和等农业机构都展开了良好的交流合作，取得显著的成效。

        研究所目前拥有科研及办公用房5000余平方米，已建立植病分子生物学、昆虫分子生物学、分析影像、天敌生物学、昆虫生态学、肠道微生物学、环境微生物学、微生物分子生物学等实验室。建有“国家农作物品种抗性鉴定试验站”，并作为核心单位参与省部共建国家重点实验室培育基地“农产品质量安全国家重点实验室”的创建。

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